Kamu kaynaklarını mali yönetim ve denetim sisteminin dışına çıkardığı, bu hesaplardan yapılacak harcamalar, desteklemeler ve hibelerin sınırı, şartları ile kapsamı ve kullanımını, nerelere aktarılacağını belirleme yetkisinin ilgili bakanlara verildiği özel hesaplar, Sayıştay’ın denetim yetkisini de ortadan kaldırdığı gerekçesiyle eleştiriliyor. 
 
2018 Bütçe Yasa Tasarısı’nda yer alan özel hesaplardan bazıları şunlar: 
 
»Vakıf üniversitelerinin araştırma altyapısı projelerini destekleme ve geçmiş yıllarda bu kapsamda desteklenerek kurulan araştırma altyapılarının idamesi amaçlarıyla yapılacak harcamalar, 
 
»İslam İşbirliği Teşkilatı Ekonomik ve Ticari İşbirliği Daimi Komitesi üyesi ülkelere teknik ve mali destek sağlayacak ödenekler, 
 
»Cazibe Merkezlerini Destekleme Programı kapsamında; kamu kurum ve kuruluşlarına, kalkınma ajanslarına, kamu yararına çalışan dernek ve vakıflara, üniversitelere, kamu kurumu niteliğindeki meslek kuruluşlarına, il özel idarelerine, belediyelere ve mahalli idare birliklerine aktarılacak ödenekler, 
 
»Cumhurbaşkanı’nın daimi Başkanlığını yaptığı İSEDAK çerçevesinde yapılan çok taraflı uluslararası toplantıların giderlerinin karşılanması için Kalkınma Bakanlığı bütçesinde yer alan ödenek, 
 
»Milli Eğitim Bakanlığı tarafından ilköğretim öğrencilerine ücretsiz olarak dağıtılacak ders kitapları için 350 milyon, taşımalı ilköğretim ve ortaöğretim kapsamındaki öğrencilerin öğle yemeği için de 805 milyon ve Özel Eğitime İhtiyaç Duyan Öğrencilerin Okullara ve Kurumlara Erişiminin Sağlanması İçin Ücretsiz Taşınması Projesi kapsamında 368 milyon 750 bin TL olmak üzere toplam 1 milyar 523 milyon TL, 
 
»100. yıl anma etkinlikleri kapsamında çalışmalar yapmak için Başbakanlık bütçesinden ayrılacak ödenek, 
 
»Avrupa Birliği Bakanlığının “Avrupa Birliği İletişim Stratejisi” çerçevesinde, gerçekleşmesi önceden öngörülemeyen ve hazırlık için yeterli süresi bulunmayan faaliyetlerine ilişkin giderlerinin karşılanması amacıyla yapılacak harcama. 
 
AKP’li belediyelere özel bütçe 
(E) Cetveli’nin 61’inci maddesi ile Maliye Bakanlığı bütçesinden yer alan ödeneği, “belediyelerin ihtiyaç duyduğu yatırım nitelikli zorunlu projeleri gerçekleştirme” amacıyla istediği gibi kullanması için Maliye Bakanı’na yetki veriliyor. 
 
Anayasa Mahkemesi’nin bu uygulamayı iptal etmesine karşın AKP, çoğu zaman yaptığı gibi kelime değişikliği ile uygulamayı sürdürüyor. 

2017 Yılı için 37 milyon 456 bin TL konulan bu ödenekten referandumun yapıldığı Nisan ayının sonuna kadar 54 milyon 157 bin lira kullanıldı, Eylül sonuna kadar kullanılan tutar 111 milyon 919 bin liraya çıktı. 2016’da da 34 milyon 638 bin TL’lik başlangıç ödeneğinin iki katı olan 70 milyon 222 bin lira belediyelere aktarıldı. TBMM’ye gönderilen bütçe tasarıları içinde ilgili ödeneğe ilişkin cetvel yer almadığından 2018 yılı için ayrılan ödenek bilinmiyor.